柯南、灰原及少年偵探成員步美、光彥、元太博士這日露營完畢，繞參觀西多摩市新建于富山前的日本第一雙塔摩大樓，毛利小五郎恰也雙塔所有者、他的學妹盤美緒之邀，攜小蘭、子參加開幕典禮。美緒紹下，他們認識以畫富山聞名的畫師如月峰水市議員大木巖松、雙塔設計者風間英彥（森谷二的弟子，第一彈《引摩天樓》中，森谷曾向一挑戰(zhàn)）、天才程序員。期間灰原的舉動異常 大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調(diào)查發(fā)他與美緒似有不同尋常系，不久原亦被殺害于中。因為現(xiàn)場都留有與本畫畫師作畫時所用的缽相似的小酒杯碎片，起案件似系一人所為。南由小酒杯聯(lián)想到灰原效力的、以酒名為綽號黑暗組織，并注意到第起案件中碎片上未沾染跡。與此同時他找到灰舉動異常的原因，卻發(fā)她正被人追蹤。而園子笑弄的發(fā)式令她像極了莉（灰原）。 開幕酒會上，美緒向賓客展示如最為寶貴的富士山畫作被殺，死相正如橫亙在士山正中的雙塔的縮影，她的身下也有一個小杯，不過卻是完好的。上一顆原本該呆在美緒子上的珍珠令柯南將目轉(zhuǎn)向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的層及地下配電室發(fā)生爆。逃亡時刻，柯南注意正有一支槍瞄準園子，中給出了所有疑問的答，但他及小蘭等人最迫需要解決的卻是如何從海逃脫?