哥斯拉掉入原山之后，本過了5年平安的日子，是自衛(wèi)隊(duì)為以防萬一，算以哥斯拉細(xì)胞為成分造對(duì)抗哥斯的武器"抗核細(xì)菌"(ANB)，以及將之與哥斯拉對(duì)時(shí)被摧毀的級(jí)武器"Super_X"改造成為"Super X2"，此時(shí)哥斯拉在原山里居然開始活動(dòng)，得日本關(guān)東區(qū)地震不斷并且使得白博士將自己兒細(xì)胞跟玫細(xì)胞混合的物死亡，于白神博士便入ANB計(jì)劃，同時(shí)他將斯拉細(xì)胞與兒細(xì)胞跟玫細(xì)胞混合的物結(jié)合制造不死植物碧蘭蒂，但是一次的事件中碧奧蘭蒂釋放出來并在蘆之湖巨化。此時(shí)三山爆炸，哥拉再度出現(xiàn)自衛(wèi)隊(duì)無法擋哥斯拉 往東京方向移，后來出動(dòng)"Super X2"使哥斯拉改變移動(dòng)方，但是在哥拉不間斷的擊之下"Super X2也敗下陣來，是沒有想到斯拉此時(shí)卻著碧奧蘭蒂所在地移動(dòng).....