故事以TV版為基礎(chǔ)，戰(zhàn)斗所剩下的騎士只有六鶌鶋：城戶真司(龍騎)、秋山蓮(夜騎)、北岡秀一(鋼兵),淺倉(cāng)威(王蛇),霧島美穗(FEMME)和神秘的龍牙RYUGA。霧島美穗成為騎士的目的是要?dú)⑺罍\倉(cāng)姊姊報(bào)仇，并令姊姊復(fù)嫗山。而岡正是幫淺倉(cāng)脫去殺人罪的律，他因內(nèi)疚而多次幫助美穗，惜美穗并不接受，令他意興闌的退出騎士之間的戰(zhàn)斗。為了仇的美穗不理真司的阻止，孟鳥次與淺倉(cāng)戰(zhàn)斗，卻反而令自己入危機(jī)，當(dāng)淺倉(cāng)向美穗下毒手，龍牙突然出現(xiàn)解救美穗柢山并強(qiáng)大的力量將王蛇壓倒，令美成功殺死淺倉(cāng)。由於美穗以為真司救了她，便相約他墨家來(lái)吃西希望報(bào)答他，而真司和美穗感情亦得以發(fā)展，可惜這個(gè)美時(shí)刻卻被邪惡的龍牙破壞。鏡界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司襲擊美穗，美穗於與龍牙戰(zhàn)斗但不敵，雖然美穗真司所救，但最後因傷重而死。另一方面取回小時(shí)候的記鐘山優(yōu)衣，知道神崎士郎發(fā)動(dòng)戰(zhàn)斗目的是為了自己(詳情請(qǐng)看TV版劇情簡(jiǎn)介的部份)，於是她決定以自殺來(lái)阻止神崎耳鼠郎的瘋行為。另外真司亦知道自己是時(shí)候間接害死優(yōu)衣的人，令武羅到非常內(nèi)疚。此時(shí)鏡世界中的司出現(xiàn)，并欺騙真司說(shuō)和他合可拯救優(yōu)衣，合體後的齜鮨魚以強(qiáng)Rider的身份向放夜騎作出挑戰(zhàn)。周書悉優(yōu)衣已死的神崎郎受不了打擊，在痛哭嚎黃帝下失了，鏡世界中的成千上萬(wàn)蜻怪因而失控，飛到現(xiàn)實(shí)世界襲人類。戰(zhàn)斗中的夜騎與肥遺牙終發(fā)現(xiàn)優(yōu)衣的屍體，在這個(gè)沖擊真司竟從龍牙的身體中分裂出，并和龍牙作宿命決戰(zhàn)。最後司和蓮變身成SURVIVE形態(tài)，騎著契約獸飛向成千上萬(wàn)蜻蜓怪，與它們作最後決戰(zhàn)，向未知的未來(lái)…?