數(shù)年前，人類以超戰(zhàn)艦“轟天號”，南極擊潰“哥吉拉，并且將“哥吉拉封印在地底下。但地球除了“哥吉拉以外，還有許許多的怪獸，對各大人都市虎視眈眈。于，人類成立了“地防衛(wèi)部”，專門對各種怪獸的入侵。地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大成員，就是當(dāng)年封哥吉拉的“轟天號以及其艦長“道格斯·戈登上?！薄?此外，為了應(yīng)付怪對人類造成的困擾地球防衛(wèi)部特別甄了有特殊能力的人，這些“超人類”有普通人類所沒有“M染色體”，讓這些人類擁有比普通更強(qiáng)大的體能跟敏性，以應(yīng)付怪獸的擊，其中的佼佼者是“尾崎真一少尉。 就在不久之前，人們挖到一個(gè)巨后照物的遺骸，而且怪擁有機(jī)械跟生物的質(zhì)，懷疑能夠?qū)⑸?跟機(jī)械結(jié)合起來的物應(yīng)該來自于外太。不久，尾崎真一到來自嬰兒島“小人”的警告，這個(gè)物是當(dāng)年被“魔斯”給封印的“蓋剛，蓋剛的出現(xiàn)代表人類的危機(jī)。 就在蓋剛出土不久，世各地突然在同一時(shí)，遭受到了各大怪的攻擊，一時(shí)之間地球防衛(wèi)部忙的焦爛額。但是突然出的神秘飛行器，卻這些怪物全部都帶。這些自稱“X星人”的外星來訪客，明自己是人類的朋，要跟人類建立起盟關(guān)系，更聲稱有個(gè)巨大的星球即將上地球。但是在尾真一還有道格拉斯人的調(diào)查之下，發(fā)根本就沒有神秘星要撞擊地球。而那怪獸根本就是外星侵略地球所釋放的X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用 雖然外星人的真面目被揭穿，但密山外人擁有不可思議的能力，還有手下聽于外星人的巨大怪。地球防衛(wèi)軍最后殲滅，只剩下轟天還茍延殘喘著。此，道格拉斯想出一大膽的計(jì)策，就是開南極哥吉拉的封，讓代表地球最強(qiáng)怪物的哥吉拉，去對這些外星來的侵者....