擁有一頭青色發(fā)的男主角名將叫作深井 青(フカイ·アオ，這名字在日中帶有“深青的意義），是名13歲少年。青的父親蘭?薩斯頓(Renton Thurston、レントン·サートン)行蹤不明，而母親優(yōu)萊(Eureka、エウレカ)也在10年前被美軍帶走了。由繼承了母親的殊基因，使得能夠看見人眼不能看到的東，如粒徑為20nm大小的光粒子，紅外線、外線等等（但外太空這一特生理受到限制。小時(shí)與診療里的老醫(yī)生深 敏夫一同生活，現(xiàn)正在Generation Blue（藍(lán)色世代）中。主角的名字將阿拉塔·娜露同樣是13歲，是與青一同成的青梅竹馬。露因?yàn)橥陼r(shí)事故而使擁有ユタ”的力量(猶達(dá)，是日本繩以占卜為職的靈媒師的名)的眼睛醒覺。娜露有能夠聽珊瑚巖心聲的異功能，這是為珊瑚巖的一分在她體內(nèi)成，從某種程度來說她和珊瑚存在部分融合但正是因?yàn)檫@，導(dǎo)致她自小體虛弱，需要氧氣放入在手的吸氧器，現(xiàn)父親、妹妹及母一同生活中本作的舞臺(tái)也定在沖繩的磐島上，當(dāng)時(shí)的戶島正進(jìn)行著治權(quán)回復(fù)運(yùn)動(dòng)但在某一天，島上出現(xiàn)的珊巖受到了宿敵細(xì)胞G-Monster的攻擊，而為了保護(hù)戶島，男主角與人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并與G-Monster戰(zhàn)斗的故事就此展?